一、一代测序（Sanger测序）：
1、引物延伸：
DNA片段通过PCR扩增，添加特定的荧光标记的dideoxynucleotides（ddNTPs）。
2、电泳分离：
扩增产物在凝胶中按大小分离，每一个片段对应一个终止于特定核苷酸的位置。
3、荧光检测：
每个终止点释放出的荧光信号被记录下来，根据信号的顺序重建DNA序列。
二、二代测序（Illumina测序）：
1、桥式PCR簇生成：
DNA片段连接到珠子上，通过PCR放大成簇。
2、边合成边测序：
阅读头依次添加四种带有不同荧光标签的核苷酸。
每次添加一个核苷酸，如果能正确配对则发光并被检测，然后荧光团被去除。
通过连续添加多个核苷酸并记录每次添加后的荧光信号来确定DNA序列。
三、三代测序（SMRT测序-PacBio）：
1、单分子实时测序：
DNA分子穿过Zero Mode Waveguide (ZMW)孔径，每个孔内含有一种DNA聚合酶和一条单链DNA模板。
DNA聚合酶沿着模板链合成互补链，过程中加入的每个碱基都会释放出不同颜色的荧光信号。
实时监测每个孔内的荧光信号，同步记录下DNA链合成的过程，从而一次性获取非常长的读长。
三代测序（Nanopore测序-Oxford Nanopore Technologies）：
2、蛋白质纳米孔通道：
单链DNA分子通过嵌有Reader蛋白的人工合成膜上的纳米孔通道。
当DNA分子通过纳米孔时，每种碱基引起的电流变化特征不同，通过检测电流变化的模式可以解析DNA序列。
连续不断地读取DNA链，从而获得非常长且连续的读长。